Malfurion fue el más dedicado de los discípulos de Cenarius. En el mundo antiguo antes del Gran Cataclismo, Malfurion fue un respetado erudito leal a su admirada, Reina Azshara. Fue uno de los primeros en notar la distancia que Azshara y sus seguidores mantenían de su pueblo, lo que le llevó a sospechar que los poderes que otorgaba el Pozo de la Eternidad no eran tan puros como se creían. Aunque no podía entender lo que estaba por venir, Malfurion supo que los Kaldorei cambiarían para siempre.
Azshara y sus Altonatos, la nobleza elfa fiel a la reina, estaban tan interesados en el Pozo que ordenaron recopilar todo lo que se supiera sobre él. El tiempo pasó, y los altonatos aprendieron a extraer poder del pozo y a manipular sus energías. Sin embargo los descuidos de la Reina Azshara a la hora de usar la magia del pozo captó la atención del titán oscuro Sargeras, enemigo de toda forma de vida y señor de la Legión Ardiente. Tras abrir un portal en el palacio de las hechiceras de Azshara, y con la colaboración del noble consejero Xavius transformado ahora en sátiro, se permitió que llegaran a Kalimdor hordas de demonios entre los que se encontraban los comandantes más importantes de la Legión Ardiente - Archimonde, Mannoroth y Hakkar the Houndmaster — que rápidamente empezaron a arrasar todo aquello por donde pasaban asesinando a los que se oponían a ellos. Los elfos de la noche lucharon desesperadamente para hacerles retroceder pero demasiados de ellos caían bajo su embrujo y acabaron cambiándose de bando. La Legión Ardiente iba ganando terreno y los altonatos empezaron a conjurar un gran portal sobre el Pozo de la Eternidad para invocar al mismísimo Sargeras.
Sin embargo desde las filas de los desesperados Kaldorei, surgió la figura de Malfurion. Tras convencer a su hermano gemelo Illidan, miembro de los Altonatos, para que abandonara la magia, Malfurion y su amada Tyrande, alta sacerdotisa de Elune, se embarcaron rápidamente en la búsqueda del semidiós Cenarius con la esperanza de que él pudiera ayudar a los sufridos Kaldorei que aún resistían.
Incluso contando con la ayuda de Cenarius y Alexstrasza, la Reina de los Dragones, Malfurion sabía que su pueblo no podía resistir el constante bombardeo de los invasores demoníacos. Creyendo que el Pozo de la Eternidad era la entrada de todos ellos, planeó destruirlo. Sabiendo que ello los convertiría en seres mortales privándoles de cualquier tipo de magia, los elfos de la noche aceptaron de mala gana asaltar el fuerte de Azshara y poner fin a la invasión.
Sin embargo, Illidan, estimulado por su adicción a la magia y su amor frustrado por Tyrande, rehusó perder su poder y abandonó la resistencia para a advertir a los altonatos. Urgido por la prisa, Malfurion atacó inmediatamente antes de que su hermano pudiera dar la alarma.
Cuando llegó, Azshara y sus acólitos los estaban esperando preparados para recibirlos con sus magias del caos que destrozaron a las fuerzas de Malfurion. Pero no fue sino la mirada de Tyrande siendo apresada por los sátiros sirvientes de Azshara, lo que le dio a Malfurion la fuerza para asestar el golpe final.
Sabiendo que la guerra de Azshara contra Malfurion había alejado el portal de su alineamiento mágico y el vórtice se había vuelto inestable, Malfurion conjuró un hechizo para crear un enorme huracán que barriera a los demonios y los enviara directos al Pozo y luego al Vacío Abisal. Tras esto, el Pozo de la Eternidad se colapsó y explotó atrayendo hacia sí el palacio de Azshara y la ciudad en ruinas de Zin-Azshari. Por otro lado, aunque Sargeras sabía que el Portal se estaba cerrando, intentó hacer lo imposible por atravesarlo desde el otro lado y llegar a Azeroth pero finalmente la explosión atrapó dentro al titán oscuro originando una catastrófica fuerza natural que cambió el aspecto del mundo para siempre. Más tarde se le bautizó como el Gran Cataclismo.
A pesar de todo, Malfurion sobrevivió. Su gente construyó barcos y navegaron hacia lo que podría ser Kalimdor, Malfurion, Tyrande y Cenarius tomaron el papel de guias de su pueblo hacia un nuevo hogar.
Pero para su desgracia, un lago en la cumbre del Monte Hyjal empezó a emitir extrañamente las mismas energías mágicas que el Pozo de la Eternidad, que creían que había desaparecido para siempre. La explicación es que Illidan, buscando preservar la magia arcana a la que era adicto, había rellenado siete viales de las aguas del Pozo de la eternidad antes de que explotara y vertió tres de ellos en ese lago, cnospamdo un nuevo Pozo. Sabiendo que la adicción de Illidan a la magia sería siempre una amenaza a la seguridad del mundo, Malfurion encerró a su hermano en las cavernas bajo Hyjal; conocidas como Barrow Deeps. Con el cataclismo fresco en sus mentes, Malfurion y los elfos de la noche no se atrevieron a intentar destruir el nuevo Pozo.
Buscando el consejo de los Aspectos, de los vuelos de dragón, Malfurion se reunió con Alexstrasza del vuelo rojo, Ysera del vuelo verde y con Nozdormu del vuelo de bronce, que regresaron de sus escondites, y a los que les afectó la noticia de la creación de un nuevo Pozo. Todos estuvieron de acuerdo en que la Legión Ardiente podría percibir de nuevo sus energías y encontrar Azeroth por segunda vez con el peligro que eso representaba.
Malfurion acordó con ellos una alianza para proteger el Pozo. Para este fin, crearon el Árbol del Mundo, Nordrassil, al que moldearon para proteger tanto al Pozo, como a los elfos de la noche. Alexstrasza, la Protectora de la Vida, hizo crecer al árbol de una semilla de G'Hanir. Nozdormu, el Imperecedero, conjuró un encatamiento que se mantendría siempre que el árbol se mantuviera de pie y que otorgaba a los elfos de la noche el don de evitar la muerte de vejez o enfermedad. Ysera, la Soñadora, enlazó a Nordrassil con el Sueño Esmeralda, el plano de existencia que muestra el mundo tal y como sería si no se destruyera la naturaleza, lo que permitiría a la dragona reconstruir poco a poco el mundo de las consecuencias del cataclismo a través del árbol. Sin embargo, para mantener el Sueño Esmeralda, necesitaba una gran fuente de conocimiento para vagar por sus senderos eternos. Para sustentarlo, todos los druidas aceptaron dormir conjuntamente durante siglos, y a pesar de los años que perderían, estarían vinculados a ese plano de existencia para siempre.
Malfurion y Tyrande ayudaron a su pueblo a reconstruir su sociedad entre los bosques de Vallefresno que rodeaban Hyjal. Cenarius les enseñó los caminos de la madera y Malfurion adquirió un considerable poder, a la vez que aprendía los caminos del arte de los druidas, hasta llegar a convertirse en Archidruida, el primero entre su gente.
A pesar de los deseos de Malfurion por permanecer junto a Tyrande, él junto a sus druidas tuvieron que dormir pacíficamente durante muchos años hasta que fueron despertados por un ataque de Dath'Remar Sunstrider y los altonatos supervivientes. Su líder fue rápidamente atrapado, pero los druidas rehusaron acabar con ellos viendo la gran cantidad de vidas que se habían perdido ya, de modo que Malfurion decidió desterrar a los altonatos. Dath'Remar y sus seguidores se convirtieron tiempo después en los elfos nobles. Con un gran sentimiento de tristeza en su corazón Malfurion dejó por segunda vez a Tyrande para volver al Sueño Esmeralda, retornando a su largo sueño en los túmulos de Claro de la Luna.